Έρευνα
Πώς το RNA κόβεται, διαμορφώνεται και αναγνωρίζεται
Η δουλειά μου βρίσκεται εκεί όπου η βιοχημεία του RNA συναντά τη δομική βιολογία: θέλω να κατανοήσω πώς το RNA αναγνωρίζεται από τους εταίρους του — ριβονουκλεάσες, άλλες RNA-binding πρωτεΐνες και άλλα RNA — τόσο καλά ώστε να δω το σχήμα αυτών των συμπλόκων, και να ξέρω τι συμβαίνει στο κύτταρο όταν οι αλληλεπιδράσεις αυτές διαταράσσονται.
2023 – σήμερα
Δομική βιολογία στο NIDDK
Στο Jinwei Zhang Lab (Section on Structural Biology of Noncoding RNAs and Ribonucleoproteins, Laboratory of Molecular Biology, NIDDK) εστιάζω στις αλληλεπιδράσεις RNA–πρωτεΐνης και RNA–RNA — από τις ριβονουκλεάσες και τα υποστρώματά τους έως άλλες RNA-binding πρωτεΐνες. Αφού στο διδακτορικό μου διερεύνησα τι κάνουν τα ένζυμα επεξεργασίας RNA μέσα στο κύτταρο, τώρα χρησιμοποιώ single-particle cryo-EM και κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ για να δω πώς λειτουργούν τέτοια σύμπλοκα — από την προετοιμασία των δειγμάτων και τη βελτιστοποίηση των grids έως τη συλλογή δεδομένων και τον προσδιορισμό της δομής.
Με ενδιαφέρει επίσης η διεπαφή ιού–ξενιστή: ιικά RNA που λειτουργούν ως δίοδοι προς μονοπάτια του ξενιστή, σωσίες που μιμούνται κυτταρικά RNA και χίμαιρες που συνδυάζουν χαρακτηριστικά πολλών RNA του ξενιστή. Μαζί με τον Jinwei Zhang ανασκοπήσαμε αυτό το πεδίο στο Annual Review of Virology (2025). Συνέβαλα επίσης σε μια ανασκόπηση του 2026 στο Nature Reviews Molecular Cell Biology για τη βιογένεση και τις τροποποιήσεις των μιτοχονδριακών tRNA και τη σχέση τους με ασθένειες.
2015 – 2023 · Πανεπιστήμιο Πατρών
Ριβονουκλεάσες που διαμορφώνουν τον κόσμο των μικρών RNA
Το διδακτορικό μου στο RNA Biology Group του Καθ. Κωνσταντίνου Σταθόπουλου εστίασε στα δύο ανθρώπινα ένζυμα RNase Z, την ELAC1 και την ELAC2, που κόβουν το 3′ άκρο των πρόδρομων tRNA. Συνδυάζοντας CRISPR-Cas9 knockouts, RNA-seq, small-RNA sequencing και CLIP-seq με βιοχημική ανασύσταση, έδειξα ότι η μικρή, κυτταροπλασματική παράλογη ELAC1 δεν είναι απαραίτητη για την κανονική ωρίμανση των tRNA, αλλά αλληλεπιδρά με δομημένα μετάγραφα της RNA πολυμεράσης III — τα Y RNA και τα vault RNA — και κόβει απευθείας και τα τέσσερα ανθρώπινα vault RNA κοντά στο 3′ άκρο τους. Η εργασία είναι διαθέσιμη ως προδημοσίευση (bioRxiv, 2026).
Παράλληλα, εργάστηκα στις πρωτεϊνικές υπομονάδες της ανθρώπινης RNase P (CRISPR screening των υπομονάδων της στο πλαίσιο του έργου RIBOMAP), στα θραύσματα μιτοχονδριακών tRNA (mt-tRFs) και στους riboswitches ως ρυθμιστές μικροβιακής λοίμωξης και αντοχής στα αντιβιοτικά (RIBOREGULON).
2014 – 2017
Η αρχή: αποαδενυλάσες
Το πρώτο μου ερευνητικό έργο αφορούσε τον χαρακτηρισμό της αποαδενυλάσης PNLDC1 του ποντικού και συνέβαλε στην ταυτοποίησή της ως poly(A)-ειδικής εξωνουκλεάσης που εκφράζεται κατά την πρώιμη ανάπτυξη (Nucleic Acids Research, 2016)· ακολούθησε η μεταπτυχιακή μου έρευνα στην ανθρώπινη RNase Z.
Μέθοδοι
Εργαλεία
Δομική βιολογία
- Προετοιμασία δειγμάτων & βελτιστοποίηση grids cryo-EM
- Συλλογή & ανάλυση δεδομένων cryo-EM
- Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ
- Προσδιορισμός δομής
Βιοχημεία
- Έκφραση ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών
- Χρωματογραφία συγγένειας
- In vitro μεταγραφή
- Ενζυμική κινητική
Μοριακή & κυτταρική βιολογία
- Μοριακή κλωνοποίηση
- qRT-PCR
- Ανάλυση RNA-seq / NGS
- CRISPR-Cas9
- TALENs
- CRISPRi
- Κυτταροκαλλιέργειες & διαμόλυνση
Ανοσολογία
- Απομόνωση PBMC
- Απομόνωση & ενεργοποίηση CD3⁺ Τ-κυττάρων
- Western blotting
Άλλα
- Χειρισμός ραδιενεργών υλικών